various bug fixes

DNI3/DNIinstances/basic.model

DNI3/DNIinstances/diff.diff

DNI3/DNIinstances/old/Example-SPECjEnterprise2010_6.xmi

DNI3/DNIinstances/old/My2.dnimm3

DNI3/DNIinstances/old/minimal.dnimm3

DNI3/DNIinstances/old/minimal_org.dnimm3

DNI3/DNIinstances/old/qpme-spec.model

DNI3/DNIinstances/old/representative-scenario.model

DNI3/DNIinstances/old/sdn_ex.model

DNI3/DNIinstances/old/spec.model

DNI3/DNIinstances/old/spec2_2.model

DNI3/DNIinstances/old/spec3.model

DNI3/DNIinstances/old/test-10.model

DNI3/DNIinstances/old/test-2.model

DNI3/DNIinstances/old/test-3.model

DNI3/DNIinstances/old/test-4.model

DNI3/DNIinstances/old/test-5.model

DNI3/DNIinstances/old/test-6.model

DNI3/DNIinstances/old/test-7.model

DNI3/DNIinstances/old/test-8.model